本季开场，海军最先进的军舰“自由号”在演习中突然被远程劫持，差点发射导弹攻击本土。NCIS调查发现，所有证据都指向一名十年前“牺牲”的特工。吉布斯退休后，由麦基带领的团队面临信任危机：内鬼就在他们身边。托雷斯被停职，毕晓普的加密档案被破解，甚至法医吉米的验尸报告都被篡改。与此同时，一名神秘的黑客“幽灵”主动联系团队，声称要帮他们，但他提出的条件是要NCIS交出过去二十三年的所有案件档案。在信任与背叛的边缘，老法医达基的养子突然归来，带来了关于这个“幽灵”的真实身份——一个被NCIS抛弃的、曾经最优秀的分析员。这一季，团队必须面对自己的过去，才能拯救未来。
作为一部长寿剧，第23季交出了令人满意的答卷。它没有吃老本，而是大胆引入了“内鬼”和“系统入侵”的现代悬疑元素。团队成员的戏份更加均衡，每个人都有深度挖掘。虽然吉布斯不在了，但新的核心凝聚力依然强大，老粉丝和新观众都能找到看点。
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