第二季的时间线跳跃到第一季事件五年后。成功逃脱科技巨头控制的“上载智能”们，在名为“万神殿”的虚拟空间建立了文明。他们拥有永恒的生命、无限的知识和接近神的力量。而留在肉身的人类世界，则陷入了能源危机和信仰崩塌。一群极端的“反上载”组织认为，上载智能是违背自然伦理的怪物，必须被清除。然而，当双方冲突达到顶点时，一个惊人的真相浮出水面：所谓的“万神殿”，不过是某个更高维度文明的一场观察实验。那些“神”也是实验品。真正的战争，是底层代码的战争。一个少女程序员，发现了删掉这一切的“回车键”。
比第一季更大胆、更黑暗、更烧脑。第三集的法庭辩论戏封神，最后三集每集一次世界观颠覆。这不是动画，这是给成年人看的哲学论文。
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